El Sr. Obispo Leopoldo Ruiz y Flores nombró la 1ª comisión de música sacra presidida por el Pbro. Secundino Briseño que fue director de la Escuela de Música y se llamó “Juan Pedro Luis de Palestrina”. Se cerró en 1914 a causa de la revolución. Se abrió de nuevo en 1930 en los anexos de la Catedral, pero en 1934 se cerró de nuevo por el reacomodo del Seminario. En 1939 se reorganizó en los anexos de la Parroquia de Santiago. En 1941 el Sr. Obispo Don Emeterio Valverde y Téllez inauguró la Academia Diocesana de Música Sacra siendo director el Pbro. Jesús Lira y sub-director el Pbro. Silvino Robles.
No fue sino hasta el 8 de octubre de 1943 cuando el mismo Monseñor Dr. Don Emeterio Valverde y Téllez, aprobó el nuevo plan de estudios y ordenó el establecimiento de lo que ahora puede llamarse Escuela Superior de Música y siendo director el Pbro. Silvino Robles Gutiérrez quien obtuviera los estudios de Licencia y Magisterio en Canto Gregoriano en la Escuela Superior de Música Sagrada de Morelia.
Muere el Pbro. Silvino Robles el día 28 de Diciembre de 1990 y lo sucede el Pbro. Lic. J. Guadalupe Plascencia Plascencia, quien obtuvo la Licenciatura y Maestría en Canto Gregoriano en la Ciudad de Roma, Italia; en la actualidad él sigue siendo el Director.
La escuela ha tenido maestros de talla internacional, como el Maestro D. Guillermo Pinto Reyes, graduado en órgano, composición, canto gregoriano y perfeccionado en Europa con el Maestro D. GerhartMuench, eminente pianista y pedagogo alemán; el Maestro D. Alfonso Vega Núñez, quien impartía la clase de órgano; el Maestro D. Jesús Carreño que impartía las materia de Armonía y Contrapunto; el Maestro D. Domingo Lobato que tuvo a su cargo unos cursos de verano; y el Maestro D. Miguel Bernal Jiménez, considerado como el gran exponente de la música religiosa del siglo XX y el músico más completo que ha existido en México.
Actualmente contamos con grandes Maestros como el Lic. D. Antonio Alderete Loza, quien imparte las materias de armonía y piano; Lic. José de Jesús Guerrero Jaime, quien imparte las materias de coro polifónico, piano y acompañamiento litúrgico.